目前制造業中ERP的“被替代化”愈趨明顯。這是MES與ERP本質差異的必然結果。
ERP的本質為企業宏觀層面的管理，屬于計劃層，多從資源規劃與財務角度出發，是為了解決企業的“糊涂賬”。底層數據得不到及時有效反饋;組織之間的眾多信息盲點，ERP并不能很好兼顧。
而MES從制造本身出發，更關注制造執行，解決的不再是計劃與進銷存的問題，而是整個系統如何智能化。提高生產效率與產品質量、實現優排產、做到零庫存等以達到精益生產的目的。以手抓杯子作比，人們既需眼睛的視覺功能，還需大腦判斷發送指定，最后還需要手的協調。眼、大腦、手缺一不可。MES就是這樣一個集成化的一體化的制造執行系統。
另外，ERP多為通用版本，高度標準化，不分行業，選擇性小。隨著制造業發展，ERP已越來越難滿足制造企業個性化需求，企業新添加的生產環節難以嵌入，產生信息模糊地帶。而MES標準化與個性化模塊的自由組合及即插即用特性將很好解決這一問題。性價比也更高。
這一替代程將從中小企業開始。因為相對而言，中小企業接受度更高，替換也更為容易，成本也更低。大企業存在固定思維與利益的博弈，決策時間長，短時間替換ERP還有一定難度。但得益于中高層教育與觀念的改變，這一現象有可能在十年內改觀——實際上，一些電力集團已開始向MES邁進。
